Beim Magen-Bypass wird das Fassungsvermögen des Magens mit Hilfe einer Heftnaht reduziert, der Magen wird in zwei Teile getrennt. Es gibt aber bei dieser Methode keinen Ausgang in den Magen mehr, sondern der Dünndarm wird an einer Stelle durchtrennt und das eine Ende an eine Öffnung der Magentasche genäht, während das an kleinere Ende wieder mit dem restlichen Dünndarm verbunden wird, so dass eine Y-förmige Montage resultiert. Das Fassungsvermögen reduziert sich auf 45 bis 90 ml. Bei dieser Methode gelangt die Nahrung nicht in den Magen.  Dieser wird umgangen und die Nahrung gelangt aus der kleinen Magentasche direkt in den Dünndarm.

Verdauungssäfte aus Bauchspeicheldrüse und Galle, welche zur Fettverdauung nötig sind werden so umgeleitet, dass sie erst weiter unten in den Darm gelangen. Damit erreicht man, dass  der Fettverdauung ein kürzerer Darmabschnitt zur Verfügung steht.

Die Folge ist, dass 40 %  des mit der Nahrung aufgenommen Fettes nicht verdaut und somit ausgeschieden werden. Es handelt sich um einen größeren und komplizierteren Eingriff.  Das Wirkungsprinzip  besteht darin, nicht nur die Nahrungsaufnahme zu beschränken, sondern auch durch Süßigkeiten und süße Getränke ein so genanntes Dumping-Syndrom auszulösen.

Die Symptome des Dumping-Syndroms können u.a.  Schwächegefühl, Zittern, Schweißausbruch, Blässe, Übelkeit, Erbrechen und Durchfall sein. Um dies zu umgehen, wird ein Verzicht,  auf übermäßigem Verzehr von Süßigkeiten empfohlen.